株式譲渡の課税関係について

※なお、このページの記載はあくまでも参考であり、課税関係につきましては最終的なところは税理士先生にご確認を頂けましたら幸いです。

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極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置（ミニマムタックス）

事業承継M&Aにおける株式譲渡益は多額となることが少なくありません。この点につきましては、令和5年度税制改正により創設され、令和7年分以後の所得税について適用されている「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置」（租税特別措置法第41条の19）に留意する必要があります。

同措置は、基準所得金額から3億3,000万円を控除した金額に22.5パーセントを乗じた金額が、通常の方法により計算した基準所得税額を超える場合に、その差額を追加して申告及び納付するというものです。株式譲渡所得のような分離課税の所得のみが生じている場合、おおむね譲渡益が10億円を超えるあたりから影響が生じます。

さらに、令和8年度税制改正により、令和9年分以後は、控除額が1億6,500万円に引き下げられ、税率が30パーセントに引き上げられます。この見直しにより、分離課税の所得のみの場合でも、おおむね譲渡益が3億4,000万円程度を超える水準から影響が生じることとなります。

株式の譲渡時期が令和8年中であるか令和9年以後であるかによって税負担が変わり得ますので、クロージングの時期を検討する際には、この点を必ず織り込む必要があります。

取得費が不明である場合の取扱い

本文中に記載のとおり、取得費が不明である場合には、譲渡収入金額の5パーセントを取得費とすることができます（概算取得費）。もっとも、創業者が保有する株式については、設立時の払込金額、その後の増資における払込金額、他の株主から買い取った際の価額等を確認することにより、5パーセントを上回る取得費を立証できる場合が少なくありません。

取得費が譲渡価額の5パーセントか、それを上回るかによって課税所得は大きく変わります。設立当時の定款、登記事項証明書、株主名簿、払込みを証する書面、過去の株式の売買契約書等を早期に収集し、取得費を確定させておくことが重要です。

自己株式の取得による場合はみなし配当が生じます

株式を発行会社に譲渡する場合、すなわち会社が自己株式を取得する場合には、交付を受ける金銭等のうち、その株式に対応する資本金等の額を超える部分は配当とみなされます（みなし配当）。みなし配当は配当所得として総合課税の対象となり、累進税率が適用されますので、第三者に譲渡する場合の20.315パーセントと比較して税負担が大きく異なることがあります。

ただし、相続又は遺贈により取得した非上場株式を、相続の開始があった日の翌日から相続税の申告書の提出期限の翌日以後3年を経過する日までの間に発行会社に譲渡した場合には、みなし配当課税は行われず、全額が株式等に係る譲渡所得等として課税される特例があります（租税特別措置法第9条の7）。相続により分散した株式を会社が買い取る場面では、この特例の適用の可否が実務上の分岐点となります。

役員退職慰労金との組合せ

事業承継M&Aにおいては、株式の譲渡対価の一部を役員退職慰労金として支給する設計が採られることがあります。退職所得は、収入金額から退職所得控除額を控除した残額の2分の1が課税標準とされ、他の所得と分離して課税されますので、税負担が軽減される場合があります。

もっとも、役員としての勤続年数が5年以下である場合には2分の1課税の適用がなく、また、不相当に高額な部分の金額は法人の損金の額に算入されません。買主にとっては対価の総額が同一であっても損金算入の可否により手取りが変わりますので、この設計は売主と買主の双方の税務を踏まえて交渉すべき事項です。

申告及び納付の時期

株式譲渡所得は、譲渡があった年の翌年2月16日から3月15日までの間に確定申告を行い、納付いたします。譲渡代金を受領した後、納付までに1年以上の期間が空くこともありますので、納税資金を確保しておくことが必要です。